Không còn lựa chọn khác, Phùng nhập ngũ, rồi gia nhập Tân quân mà về sau trở thành quân Bắc Dương dưới quyền Viên Thế Khải. Phùng biểu hiện rất tốt và được một viên chỉ huy tiểu đoàn chú ý, viên này sau đó giới thiệu ông vào trường quân sự Bảo Định. Tại Bảo Định, ông kết giao với nhiều bạn bè và đồng minh sau này. Năm 1895, Phùng sang Tokyo phục vụ với tư cách tùy viên quân sự và được Viên Thế Khải chú ý, bắt đầu lôi kéo ông vào phe cánh của ông ta trong quân Bắc Dương. Tuy nhiên, khi Viên bị các quý tộc Mãn Châu ép về hưu do lo ngại quyền lực của ông ta, Phùng vẫn giữ quan hệ tốt với cả hai bên.

Tháng 10 năm 1911, sau khi Khởi nghĩa Vũ Xương bùng nổ, Triều đình nhà Thanh ra lệnh cho ông trấn áp khởi nghĩa ở Vũ Hán. Phùng cho quân Bắc Dương án binh bất động đến khi Viên Thế Khải được phục chức, rồi tiến quân chiếm lại Hán Khẩu và Hán Dương từ tay quân cách mạng trong trận Dương Hạ. Trong trận đánh, ông ra lệnh san bằng Hán Khẩu. Sau đó, theo lệnh Viên Thế Khải, Phùng dừng đánh Vũ Xương. Viên sau đó đàm phán với phe cách mạng, buộc Hoàng đế cuối cùng Phổ Nghi thoái vị và năm 1912 trở thành Tổng thống lâm thời Trung Hoa Dân Quốc vừa thành lập. Phùng theo Viên gia nhập chính phủ mới và được vinh danh cho những cống hiến của mình trong Cách mạng Tân Hợi dù ông từng tích cực đàn áp khởi nghĩa.